====== Formats standards de données ====== Les formats standards ===== FSD META ===== Le format standard META est le format standard de métadonnées. \\ Il accompagne tous les lots de données (DATA, TAXA et dans l'avenir SYNDATA et SYNTAXA). \\ 3 tables/fichiers sont utilisés pour décrire les métadonnées : * la table [[fsd:metadonnees|metadonnees]] rassemble les descriptions générales des métadonnées * la table [[fsd:metadonnees_acteur|metadonnees_acteur]] rassemble les acteurs ayant travaillés sur ces métadonnées (ex : gestionnaire de données, auteur du catalogue régional...) * la table [[fsd:metadonnees_territoire|metadonnees_territoire]] rassemble toutes les informations concernant l'emprise géographique à laquelle s'applique ce jeu de données (ex : la région pour un catalogue régional, le territoire d'agrément pour un lot de données DATA). Retrouvez tous les champs du FSD META sur le Codex à l'adresse suivante : http://codex.fcbn.fr/flore/fsd/index.php#meta ===== FSD DATA ===== Le format standard DATA est le format standard de données pour les observations de taxons. * la table [[fsd:releve|releve]] rassemble la description des relevés et permet de renseigner sommairement les protocoles et méthodes utilisés. Cette table porte également la date d'observation. * la table [[fsd:releve_acteur|releve_acteur]] rassemble les acteurs ayant contribués au relevé (ex : observateur, determinateur, validateur...) * la table [[fsd:releve_territoire|releve_territoire]] rassemble toutes les informations concernant les rattachements géographiques du relevé (ex : la maille, la commune du relevé). * la table [[fsd:releve_localisation|releve_localisation]] rassemble les localisations géographiques de l'observation * la table [[fsd:observation|observation]] rassemble les informations concernant l'observation du taxon (le Quoi). NB : Tout envoi de données utilisant le FSD DATA __doit être accompagné__ d'un envoi avec le FSD META (les métadonnées) Retrouvez tous les champs du FSD DATA sur le Codex à l'adresse suivante : http://codex.fcbn.fr/flore/fsd/index.php#data ===== FSD TAXA ===== Le format standard TAXA est le format standard de données pour la description des taxons. * la table [[fsd:entite|entite]] rassemble la description taxonomique et nomenclaturale du taxon, * la table [[fsd:entite_statut|entite_statut]] rassemble les informations sur les statuts du taxon, * la table [[fsd:entite_verna|entite_verna]] rassemble les informations concernant les noms vernaculaires du taxon, * la table [[fsd:entite_referentiel|entite_referentiel]] rassemble le rattachement des taxons aux référentiels nationaux (TAXREF, BDNFF...), * la table [[fsd:entite_biblio|entite_biblio]] rassemble les informations biblio concernant la description/détermination du taxon. NB : Tout envoi de données utilisant le FSD DATA __doit être accompagné__ d'un envoi avec le FSD META (les métadonnées) Retrouvez tous les champs du FSD TAXA sur le Codex à l'adresse suivante : http://codex.fcbn.fr/flore/fsd/index.php#taxa ===== FSD SYNDATA ===== Le FSD SYNDATA doit être homogénéisé vis-à-vis des travaux réalisés sur le DATA, TAXA et SYNTAXA. Un premier exercice a été réalisé avec le CBN FRC en 2014 - 2015. Voici la {{ ::cadrage_exercice_2014_syndata.docx |note de cadrage}} et le {{ :fcbn_fsd_syndata_v0.9.xls |format standard utilisé}}. La structuration du DATA a été réfléchie pour accueillir au mieux le SYNDATA en suivant la philosophie suivante : * Si l'on considère le syntaxon comme une entité biologique, la table observation peut accueillir les observation de syntaxon (en spécifiant que le type de l'entité est syntaxon => typ_ent = 'stx') * Concernant les relevés phytosociologiques, il peuvent être accueillis dans la table relevé en tant que type de relevé spécifique (meth_releve = 'lf' pour levé phytosociologique). L'adaptation du FSD SYNDATA aux standards actuels devrait donc se résumer à trouver un moyen simple et évitant des lourdeurs (ne polluant pas les autres standards) pour ajouter les champs suivants aux standards : * La syntaxonomie (SS_ALLIANCE_OBS_MERE, ALLIANCE_OBS_MERE, SS_ORDRE_OBS_MERE, ORDRE_OBS_MERE, SS_CLASSE_OBS_MERE, CLASSE_OBS_MERE) => proposition = gérer cela dans une table entite_syntaxonomie (en profiter pour faire une table entite_taxonomie) * Les informations de strates (STRATE_OBS, TYPE_STRATE_OBS, RECOUVREMENT_OBS, COEF_AB_DOM_OBS, SOCIABILITE_OBS) => proposition = réflexion à avoir sur les trios Relevé/Observation/Strate (Une observation par strate?) * Les informations sur la protocole/méthode d'abondance-dominance (METHOD_ABOND, AB_METHOD_ABS, AB_METHOD_LGUEUR, AB_METHOD_DSTCE_PT, AB_METHOD_SURF_QUAD, AB_METHOD_SURF_SSQUAD) => proposition = soit ajouter une table le protocole de releve (releve_protocole), soit gérer comme un vocabulaire contrôlé plus complexe (décrire le protocole et utiliser un code pour spécifier que celui ci est utilisé dans le relevé). ===== FSD SYNTAXA===== Le format standard SYNTAXA est le format standard de données pour la **description des unités systématiques** que sont les syntaxons, séries et géoséries.\\ Sa première version a été élaborée dans le cadre du programme CarHab au sein du groupe de travail "méthodologie de cartographie" en présence des phytosociologues uniquement. L'élaboration de ce format standard répondait à des attentes différentes que celles qui ont conduit à la réalisation des formats DATA et TAXA. Voici les différents rôles tenus par le format:\\ * format standard de données pour les CBN ne disposant pas de catalogue numérique des végétations, séries et géoséries; * format standard d'échange de données pour les CBN disposant déjà de leur propre catalogue numérique des végétations, séries et géoséries; * format standard utilisé par le modèle physique de la bdd des catalogues de végétations du Codex; * format standard de données pouvant permettre la production de catalogues papiers harmonisés ( à travers par exemple l'utilisation d'outils de reporting); Un exemple du standard (version0) de la fiche papier est disponible ici: {{ ::format_definitif_fiches_series_et_geoseries.docx |}} Bien plus qu'un format standard, il s'agissait donc au final d'élaborer aussi un [[modele_conceptuel_de_donnees|modèle conceptuel de données]] et un [[modele_physique_de_donnees|modèle physique de données]] qui permettrait d'assurer à la fois la l'échange, le partage et la production de nouvelles données, voire leur diffusion.\\ Le FSD syntaxa présenté ici est donc une première version qui contient des divergences avec les format DATA et TAXA (utilisation de majuscule pour les noms de champs, gestion des métadonnées). Une harmonisation du format SYNTAXA avec les formats DATA ET TAXA est prévue à court terme. A l'instar du DATA et du TAXA, il s'accompagne d'une série de listes de vocabulaires contrôlés (notamment en ce qui concerne les variables environnementales) et d'une série de référentiels nomenclaturaux (taxonomiques et syntaxonomiques).\\ ====Tables principales==== * table [[fsd:st_serie_petitegeoserie|st_serie_petitegeoserie]]: Table contenant la nomenclature des séries et petites géoséries ainsi que leurs principaux descripteurs (univariés); * table [[fsd:st_geo_sigmafacies|st_geo_sigmafacies]] : Table de correspondance entre le(geo)sigmataxon et un faciès qui donne le (geo)sigmafacies; * table [[fsd:st_indicateurs_floristiques|st_indicateurs_floristiques]]: Indicateurs floristiques de chaque (geo)sigmafacies; * table [[fsd:st_cortege_syntaxonomique|st_cortege_syntaxonomique]]: Cortège syntaxonomique de chaque geosigmafacies. Chaque syntaxon représente un stade dynamique du (geo)sigmasyntaxa. Ce stade peut être progressif ou régressif; * table [[fsd:st_syntaxon|st_syntaxon]]: Table contenant les syntaxons et leurs principaux descripteurs (univariés); * table [[fsd:st_cortege_floristique|st_cortege_floristique]]: Cortège floristique qui accompagne le syntaxon; ====Tables multivariées==== * table [[fsd:st_chorologie|st_chorologie]]: Table indiquant la chorologie de chaque syntaxon, série ou petite géosérie; * table [[fsd:st_biblio|st_biblio]]: Table qui recense les références bibliographiques en lien avec la description des syntaxons, des séries et géoséries; * table [[fsd:st_correspondance_eunis|st_correspondance_eunis]]: Table de correspondance entre les végétations (syntaxon, (geo)sigmafacies, séries et petites géoséries) et les habitats EUNIS; * table [[fsd:st_correspondance_hic|st_correspondance_hic]]: Table de correspondance entre les végétations (syntaxon, (geo)sigmafacies, séries et petites géoséries) et les habitats de la directive habitat (N2000); * table [[fsd:st_correspondance_pvf|st_correspondance_pvf]]: Table de correspondance avec la typologie du PVF (PVF1 et PVF2); * table [[fsd:st_etage_bioclim|st_etage_bioclim]] : Table indiquant l'appartenance d'un syntaxon, série ou petite géosérie à un ou plusieurs étages de végétation ; * table [[fsd:st_etage_veg|st_etage_veg]]: Table de correspondance entre le syntaxon-série-petite géosérie et l'étage de végétation; * table [[fsd:st_geomorphologie|st_geomorphologie]]: Table d'appartenance d'une végétation à une ou plusieurs géomorphologies; ====Tables de métadonnées==== * table [[fsd:st_catalogue_description|st_catalogue_description]]: Table de métadonnées de description des catalogues; * table [[fsd:st_collaborateur|st_collaborateur]]: Table de collaborateur qui fait le lien entre les personnes, leur organisme et le catalogue auquel elles ont participé; * table [[fsd:st_annuaire_organismes|st_annuaire_organismes]]: Table d'annuaire qui recense les organismes en lien avec la création des catalogues; * table [[fsd:st_annuaire_personnes|st_annuaire_personnes]]: Table d'annuaire qui recense les personnes en lien avec la création des catalogues; * table [[fsd:st_suivi_enregistrement|st_suivi_enregistrement]]: Table de suivi des enregistrements (création et mise à jour); ====Tables référentiels==== * table [[fsd:referentiel_taxo|referentiel_taxo]]: Table listant les taxons dans les différents référentiels taxonomiques; * table [[fsd:liste_geo|liste_geo]]: Table listant les territoires géographiques de référence pour la chorologie; * table [[fsd:st_ref_action_suivi|st_ref_action_suivi]]: Référentiel des types de suivi de données; * table [[fsd:st_ref_categorie_seriegeoserie|st_ref_categorie_seriegeoserie]]: Référentiel des catégories de séries et de géoséries; * table [[fsd:st_ref_continentalite|st_ref_continentalite]]: Référentiel de la continentalité selon Landolt; * table [[fsd:st_ref_critique|st_ref_critique]]: Référentiel de la criticité des syntaxons; * table [[fsd:st_ref_etage_bioclim|st_ref_etage_bioclim]]: Référentiel des étages bioclimatiques; * table [[fsd:st_ref_etage_veg|st_ref_etage_veg]]: Référentiel des étages de végétation proposé par le réseau; * table [[fsd:st_ref_eunis|st_ref_eunis]]: Table de correspondance entre les végétations (syntaxon, (geo)sigmafacies, séries et petites géoséries) et les habitats de la directive habitat (N2000); * table [[fsd:st_ref_exposition|st_ref_exposition]]: Référentiel des valeurs d'exposition; * table [[fsd:st_ref_geomorpho|st_ref_geomorpho]]: Référentiel géomorphologique; * table [[fsd:st_ref_hic|st_ref_hic]]: Référentiel des habitats de la directive habitat (N2000); * table [[fsd:st_ref_humidite|st_ref_humidite]]: Référentiel de l'indice d'humidité édaphique selon Ellenberg et Julve (moisture); * table [[fsd:st_ref_lumiere|st_ref_lumiere]]: Référentiel des indices d'affinité de la végétation à la lumière selon Landolt; * table [[fsd:st_ref_neige|st_ref_neige]]: Référentiel de l'affinité de la végétation à la neige; * table [[fsd:st_ref_periode|st_ref_periode]]: Table qui référence les périodes optimales de végétation (liste de début et fin de chaque saison); * table [[fsd:st_ref_pvf|st_ref_pvf]]: Typologie du PVF (PVF1 et PVF2); * table [[fsd:st_ref_rang_seriegeoserie|st_ref_rang_seriegeoserie]]: Référentiel des rangs de séries et de géoséries (ce référentiel n'est pas encore normé par la Société phytosociologique de France- SPF); * table [[fsd:st_ref_rang_syntaxon|st_ref_rang_syntaxon]]: Référentiel des rangs de syntaxons; * table [[fsd:st_ref_reaction|st_ref_reaction]]: Référentiel de l'indice de pH selon Landolt (réaction); * table [[fsd:st_ref_rivasmartinez_ombroclimat|st_ref_rivasmartinez_ombroclimat]]: Référentiel des ombro-climats d'après Rivas-Martinez; * table [[fsd:st_ref_salinite|st_ref_salinite]]: Référentiel de l'affinité à la salinité selon Ellenberg et Julve; * table [[fsd:st_ref_statut_chorologie|st_ref_statut_chorologie]]: Référentiel qui contient les valeurs que peuvent prendre les statuts de chorologie; * table [[fsd:st_ref_temperature|st_ref_temperature]]: Référentiel des indices de température selon Landolt; * table [[fsd:st_ref_tete_serie|st_ref_tete_serie]]: Référentiel des stades de la série (ou géosérie); * table [[fsd:st_ref_trophie|st_ref_trophie]]: Référentiel de la trophie selon Landolt; * table [[fsd:st_ref_type_facies|st_ref_type_facies]]: Référentiel des types de cellules paysageres (anciennement "types de faciès"); * table [[fsd:st_ref_type_physionomique|st_ref_type_physionomique]]: Référentiel des types physionomiques; * table [[fsd:st_ref_type_seriegeoserie|st_ref_type_seriegeoserie]]: Référentiel des types de séries et de géoséries; * table [[fsd:st_ref_type_synonymie|st_ref_type_synonymie]]: Référentiel des types de synonymie; * table [[fsd:st_ref_type_taxon|st_ref_type_taxon]]: Référentiel des types de taxons;