Formats standards de données

Les formats standards

Le format standard META est le format standard de métadonnées.
Il accompagne tous les lots de données (DATA, TAXA et dans l'avenir SYNDATA et SYNTAXA).
3 tables/fichiers sont utilisés pour décrire les métadonnées :

• la table metadonnees rassemble les descriptions générales des métadonnées
• la table metadonnees_acteur rassemble les acteurs ayant travaillés sur ces métadonnées (ex : gestionnaire de données, auteur du catalogue régional…)
• la table metadonnees_territoire rassemble toutes les informations concernant l'emprise géographique à laquelle s'applique ce jeu de données (ex : la région pour un catalogue régional, le territoire d'agrément pour un lot de données DATA).

Retrouvez tous les champs du FSD META sur le Codex à l'adresse suivante : http://codex.fcbn.fr/flore/fsd/index.php#meta

Le format standard DATA est le format standard de données pour les observations de taxons.

• la table releve rassemble la description des relevés et permet de renseigner sommairement les protocoles et méthodes utilisés. Cette table porte également la date d'observation.
• la table releve_acteur rassemble les acteurs ayant contribués au relevé (ex : observateur, determinateur, validateur…)
• la table releve_territoire rassemble toutes les informations concernant les rattachements géographiques du relevé (ex : la maille, la commune du relevé).
• la table releve_localisation rassemble les localisations géographiques de l'observation
• la table observation rassemble les informations concernant l'observation du taxon (le Quoi).

NB : Tout envoi de données utilisant le FSD DATA doit être accompagné d'un envoi avec le FSD META (les métadonnées)

Retrouvez tous les champs du FSD DATA sur le Codex à l'adresse suivante : http://codex.fcbn.fr/flore/fsd/index.php#data

Le format standard TAXA est le format standard de données pour la description des taxons.

• la table entite rassemble la description taxonomique et nomenclaturale du taxon,
• la table entite_statut rassemble les informations sur les statuts du taxon,
• la table entite_verna rassemble les informations concernant les noms vernaculaires du taxon,
• la table entite_referentiel rassemble le rattachement des taxons aux référentiels nationaux (TAXREF, BDNFF…),
• la table entite_biblio rassemble les informations biblio concernant la description/détermination du taxon.

NB : Tout envoi de données utilisant le FSD DATA doit être accompagné d'un envoi avec le FSD META (les métadonnées)

Retrouvez tous les champs du FSD TAXA sur le Codex à l'adresse suivante : http://codex.fcbn.fr/flore/fsd/index.php#taxa

Le FSD SYNDATA doit être homogénéisé vis-à-vis des travaux réalisés sur le DATA, TAXA et SYNTAXA. Un premier exercice a été réalisé avec le CBN FRC en 2014 - 2015. Voici la note de cadrage et le format standard utilisé.

La structuration du DATA a été réfléchie pour accueillir au mieux le SYNDATA en suivant la philosophie suivante :

• Si l'on considère le syntaxon comme une entité biologique, la table observation peut accueillir les observation de syntaxon (en spécifiant que le type de l'entité est syntaxon ⇒ typ_ent = 'stx')
• Concernant les relevés phytosociologiques, il peuvent être accueillis dans la table relevé en tant que type de relevé spécifique (meth_releve = 'lf' pour levé phytosociologique).

L'adaptation du FSD SYNDATA aux standards actuels devrait donc se résumer à trouver un moyen simple et évitant des lourdeurs (ne polluant pas les autres standards) pour ajouter les champs suivants aux standards :

• La syntaxonomie (SS_ALLIANCE_OBS_MERE, ALLIANCE_OBS_MERE, SS_ORDRE_OBS_MERE, ORDRE_OBS_MERE, SS_CLASSE_OBS_MERE, CLASSE_OBS_MERE) ⇒ proposition = gérer cela dans une table entite_syntaxonomie (en profiter pour faire une table entite_taxonomie)
• Les informations de strates (STRATE_OBS, TYPE_STRATE_OBS, RECOUVREMENT_OBS, COEF_AB_DOM_OBS, SOCIABILITE_OBS) ⇒ proposition = réflexion à avoir sur les trios Relevé/Observation/Strate (Une observation par strate?)
• Les informations sur la protocole/méthode d'abondance-dominance (METHOD_ABOND, AB_METHOD_ABS, AB_METHOD_LGUEUR, AB_METHOD_DSTCE_PT, AB_METHOD_SURF_QUAD, AB_METHOD_SURF_SSQUAD) ⇒ proposition = soit ajouter une table le protocole de releve (releve_protocole), soit gérer comme un vocabulaire contrôlé plus complexe (décrire le protocole et utiliser un code pour spécifier que celui ci est utilisé dans le relevé).

Le format standard SYNTAXA est le format standard de données pour la description des unités systématiques que sont les syntaxons, séries et géoséries.
Sa première version a été élaborée dans le cadre du programme CarHab au sein du groupe de travail “méthodologie de cartographie” en présence des phytosociologues uniquement.

L'élaboration de ce format standard répondait à des attentes différentes que celles qui ont conduit à la réalisation des formats DATA et TAXA. Voici les différents rôles tenus par le format:

• format standard de données pour les CBN ne disposant pas de catalogue numérique des végétations, séries et géoséries;
• format standard d'échange de données pour les CBN disposant déjà de leur propre catalogue numérique des végétations, séries et géoséries;
• format standard utilisé par le modèle physique de la bdd des catalogues de végétations du Codex;
• format standard de données pouvant permettre la production de catalogues papiers harmonisés ( à travers par exemple l'utilisation d'outils de reporting);

Un exemple du standard (version0) de la fiche papier est disponible ici: format_definitif_fiches_series_et_geoseries.docx

Bien plus qu'un format standard, il s'agissait donc au final d'élaborer aussi un modèle conceptuel de données et un modèle physique de données qui permettrait d'assurer à la fois la l'échange, le partage et la production de nouvelles données, voire leur diffusion.
Le FSD syntaxa présenté ici est donc une première version qui contient des divergences avec les format DATA et TAXA (utilisation de majuscule pour les noms de champs, gestion des métadonnées). Une harmonisation du format SYNTAXA avec les formats DATA ET TAXA est prévue à court terme.

A l'instar du DATA et du TAXA, il s'accompagne d'une série de listes de vocabulaires contrôlés (notamment en ce qui concerne les variables environnementales) et d'une série de référentiels nomenclaturaux (taxonomiques et syntaxonomiques).

• table st_serie_petitegeoserie: Table contenant la nomenclature des séries et petites géoséries ainsi que leurs principaux descripteurs (univariés);
• table st_geo_sigmafacies : Table de correspondance entre le(geo)sigmataxon et un faciès qui donne le (geo)sigmafacies;
• table st_indicateurs_floristiques: Indicateurs floristiques de chaque (geo)sigmafacies;
• table st_cortege_syntaxonomique: Cortège syntaxonomique de chaque geosigmafacies. Chaque syntaxon représente un stade dynamique du (geo)sigmasyntaxa. Ce stade peut être progressif ou régressif;
• table st_syntaxon: Table contenant les syntaxons et leurs principaux descripteurs (univariés);
• table st_cortege_floristique: Cortège floristique qui accompagne le syntaxon;

• table st_chorologie: Table indiquant la chorologie de chaque syntaxon, série ou petite géosérie;
• table st_biblio: Table qui recense les références bibliographiques en lien avec la description des syntaxons, des séries et géoséries;
• table st_correspondance_eunis: Table de correspondance entre les végétations (syntaxon, (geo)sigmafacies, séries et petites géoséries) et les habitats EUNIS;
• table st_correspondance_hic: Table de correspondance entre les végétations (syntaxon, (geo)sigmafacies, séries et petites géoséries) et les habitats de la directive habitat (N2000);
• table st_correspondance_pvf: Table de correspondance avec la typologie du PVF (PVF1 et PVF2);
• table st_etage_bioclim : Table indiquant l'appartenance d'un syntaxon, série ou petite géosérie à un ou plusieurs étages de végétation ;
• table st_etage_veg: Table de correspondance entre le syntaxon-série-petite géosérie et l'étage de végétation;
• table st_geomorphologie: Table d'appartenance d'une végétation à une ou plusieurs géomorphologies;

• table st_catalogue_description: Table de métadonnées de description des catalogues;
• table st_collaborateur: Table de collaborateur qui fait le lien entre les personnes, leur organisme et le catalogue auquel elles ont participé;
• table st_annuaire_organismes: Table d'annuaire qui recense les organismes en lien avec la création des catalogues;
• table st_annuaire_personnes: Table d'annuaire qui recense les personnes en lien avec la création des catalogues;
• table st_suivi_enregistrement: Table de suivi des enregistrements (création et mise à jour);

• table referentiel_taxo: Table listant les taxons dans les différents référentiels taxonomiques;
• table liste_geo: Table listant les territoires géographiques de référence pour la chorologie;
• table st_ref_action_suivi: Référentiel des types de suivi de données;
• table st_ref_categorie_seriegeoserie: Référentiel des catégories de séries et de géoséries;
• table st_ref_continentalite: Référentiel de la continentalité selon Landolt;
• table st_ref_critique: Référentiel de la criticité des syntaxons;
• table st_ref_etage_bioclim: Référentiel des étages bioclimatiques;
• table st_ref_etage_veg: Référentiel des étages de végétation proposé par le réseau;
• table st_ref_eunis: Table de correspondance entre les végétations (syntaxon, (geo)sigmafacies, séries et petites géoséries) et les habitats de la directive habitat (N2000);
• table st_ref_exposition: Référentiel des valeurs d'exposition;
• table st_ref_geomorpho: Référentiel géomorphologique;
• table st_ref_hic: Référentiel des habitats de la directive habitat (N2000);
• table st_ref_humidite: Référentiel de l'indice d'humidité édaphique selon Ellenberg et Julve (moisture);
• table st_ref_lumiere: Référentiel des indices d'affinité de la végétation à la lumière selon Landolt;
• table st_ref_neige: Référentiel de l'affinité de la végétation à la neige;
• table st_ref_periode: Table qui référence les périodes optimales de végétation (liste de début et fin de chaque saison);
• table st_ref_pvf: Typologie du PVF (PVF1 et PVF2);
• table st_ref_rang_seriegeoserie: Référentiel des rangs de séries et de géoséries (ce référentiel n'est pas encore normé par la Société phytosociologique de France- SPF);
• table st_ref_rang_syntaxon: Référentiel des rangs de syntaxons;
• table st_ref_reaction: Référentiel de l'indice de pH selon Landolt (réaction);
• table st_ref_rivasmartinez_ombroclimat: Référentiel des ombro-climats d'après Rivas-Martinez;
• table st_ref_salinite: Référentiel de l'affinité à la salinité selon Ellenberg et Julve;
• table st_ref_statut_chorologie: Référentiel qui contient les valeurs que peuvent prendre les statuts de chorologie;
• table st_ref_temperature: Référentiel des indices de température selon Landolt;
• table st_ref_tete_serie: Référentiel des stades de la série (ou géosérie);
• table st_ref_trophie: Référentiel de la trophie selon Landolt;
• table st_ref_type_facies: Référentiel des types de cellules paysageres (anciennement “types de faciès”);
• table st_ref_type_physionomique: Référentiel des types physionomiques;
• table st_ref_type_seriegeoserie: Référentiel des types de séries et de géoséries;
• table st_ref_type_synonymie: Référentiel des types de synonymie;
• table st_ref_type_taxon: Référentiel des types de taxons;